正當(dāng)喀爾喀內(nèi)訌不已時(shí)，衛(wèi)拉特準(zhǔn)噶爾部在噶爾丹領(lǐng)導(dǎo)下迅速崛起。17世紀(jì)20年代開始，沙俄勢(shì)力擴(kuò)張到貝加爾湖地區(qū)，到80年代時(shí)已滲透到喀爾喀部色楞格河流域。喀爾喀土謝圖汗面對(duì)
正當(dāng)喀爾喀內(nèi)訌不已時(shí)，衛(wèi)拉特準(zhǔn)噶爾部在噶爾丹領(lǐng)導(dǎo)下迅速崛起。17世紀(jì)20年代開始，沙俄勢(shì)力擴(kuò)張到貝加爾湖地區(qū)，到80年代時(shí)已滲透到喀爾喀部色楞格河流域。喀爾喀土謝圖汗面對(duì)沙皇俄國的威脅，抽出相當(dāng)?shù)谋右缘挚埂８翣柕こ藱C(jī)派使俄羅斯，想利用俄羅斯勢(shì)力打擊喀爾喀土謝圖汗，以便控制整個(gè)喀爾喀。清廷為了遏止俄羅斯的擴(kuò)張勢(shì)頭，打亂噶爾丹同俄羅斯的合作，于康熙二十七年（1688年）派遣內(nèi)大臣索額圖，都統(tǒng)公國舅佟國綱，理藩院尚書阿爾尼等為首的代表團(tuán)，越過喀爾喀左翼境，前往色楞格地區(qū)，擬同俄羅斯代表議定國界。代表團(tuán)行至半路，便遇噶爾丹攻入喀爾喀。清朝代表團(tuán)只好返回，康熙帝同俄國締結(jié)邊境條約的第一次努力遂告失敗。面對(duì)來勢(shì)猛的噶爾丹的進(jìn)攻，清廷立即調(diào)整了邊界上的兵力部署，并派安親王岳樂，簡親王雅布駐防蘇尼特汛界，一邊搜集安撫潰逃之喀爾喀部眾，一邊防備噶爾丹的越界追擊。由于噶爾丹軍深入到喀爾喀車臣汗部地，清廷忙派大臣前往烏珠穆沁，巴林界，偵探噶爾丹消息，還派兵保護(hù)哲布尊丹巴呼圖克圖。當(dāng)噶爾丹前鋒抵達(dá)呼倫貝爾地方時(shí)，康熙皇帝命科爾沁土謝圖親王沙津、達(dá)爾罕親王班第派兵一萬在喀爾喀河備御。當(dāng)土謝圖汗在鄂羅會(huì)諾爾大敗，獨(dú)身越瀚海到達(dá)哲布尊丹巴處時(shí)，清廷慌忙派八旗及蒙古兵嚴(yán)守邊汛，又調(diào)京師及大同宣府等處大軍備御噶爾丹。同時(shí)又派使者到噶爾丹處探聽虛實(shí)。但噶爾丹待清廷使者非常有禮，自陳理二，訴其始終，并要求同清朝貿(mào)易。康熙帝這時(shí)覺得噶爾丹“殊為恭順，沒有犯邊之意，便命京師及大同兵馬暫停起行”。噶爾丹又言：“我并無自外于中華皇帝、******喇嘛禮法之意”，并要求清廷阻止土謝圖汗、哲布尊丹巴呼圖克圖入邊。同年九月，土謝圖汗、哲布尊丹巴呼圖克圖率所屬向清廷正式提出降清。面對(duì)這種形式，清廷一方面遣使羈縻噶爾丹，并賜白金賑濟(jì)厄魯特部眾，另一方面派尚書阿爾尼在邊境地帶安插喀爾喀部眾，清點(diǎn)人口，擬定律例，加以管理，并開歸化城倉米加以救濟(jì)。
清廷最初打算再次同達(dá)賴?yán)镆黄疬M(jìn)行調(diào)停。他們認(rèn)為土謝圖汗等背棄盟誓，殺札薩克圖汗及得克得黑墨爾根阿海，又先犯厄魯特，殺噶爾丹之弟多爾濟(jì)札卜而挑起這場(chǎng)戰(zhàn)爭，過在土謝圖汗等，所以“應(yīng)遣敕于達(dá)賴?yán)铮惨挥忻罄锿境泊蟪记巴偌翣柕ぁ⑼林x圖汗等，令土謝圖汗等自陳其過，大集會(huì)閱，永議和好。清廷的這種態(tài)度就是為了穩(wěn)住噶爾丹，防止他再次追擊，同時(shí)以會(huì)盟議和來約束噶爾丹，暗示他無權(quán)乘機(jī)懲處、并吞另一方。到第二年（1689年）因土謝圖汗難以接受親身前往會(huì)盟的條件，清廷又改為遭使噶爾丹，申明土謝圖汗興兵之過；并讓******喇嘛協(xié)同調(diào)解，以便得到噶爾丹的諒解，“使厄魯特喀爾盡釋前怨，仍前協(xié)和，各守地方，休兵罷戰(zhàn)”。噶爾丹遂向清朝使者阿爾尼表明了他愿意和解之意，但堅(jiān)持索要土謝圖汗和哲布尊丹巴，并說：“達(dá)賴剌嘛所言之事若與圣上敕諭相同，我自無他說也”。達(dá)賴刺嘛使者善巴陵堪卜傳達(dá)第巴之語，說：“達(dá)賴?yán)锪钭嗍ド希芡林x圖汗、哲布尊丹巴呼圖克圖畀噶爾丹則有利于生靈，此兩人身命我當(dāng)保全之”，康熙帝認(rèn)為這樣會(huì)“偏于一家”，即使噶爾丹不得已而來歸，“聯(lián)亦當(dāng)受而養(yǎng)之，使得其所”。清廷的和解努力便不了了之。
為了集中力量解決準(zhǔn)噶爾問題，清廷于1689年開始了同俄羅斯的邊境談判。康熙二十八年七月二十四（1689年8月27日），以議政大臣、領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣索額圖，國舅佟國綱，管旗章京朗坦等在尼布楚地方代表清朝同俄國代表簽訂了清朝同俄國之間的第一個(gè)邊界協(xié)定---《中俄尼布楚條約》，劃定了中俄之間的東部邊界。當(dāng)清朝使團(tuán)出發(fā)之際，康熙皇帝曾明確指示可以放棄以尼布楚為界的方案，改以額爾古納河為界，清朝通過割讓大片蒙古土地，換取了俄國在噶爾丹事件中的中立態(tài)度。俄國從清朝那里得到了如此豐厚的禮物，對(duì)噶爾丹便不再感興趣了。清廷此舉為以后的平定噶爾丹創(chuàng)造了條件，贏得了時(shí)間。
到康熙二十九（1690）年初，清廷繼續(xù)安插陸續(xù)歸降之喀爾喀部眾，又針對(duì)噶爾丹再次肆掠喀爾喀的動(dòng)向派兵偵查，并加緊準(zhǔn)備喀爾喀部眾同內(nèi)蒙四十九旗的會(huì)盟事宜。1689年秋，噶爾丹在科布多地方無法存活，遂使丹津溫卜率一部兵力守衛(wèi)科布多，自己率丹濟(jì)拉、格壘沽英，奈沖鄂木卜等自科布多東向再次征伐喀爾喀。他們首先擊敗喀爾喀拖多額爾德尼臺(tái)吉，到1690年三月時(shí)，已到克魯倫河地帶。然后順流而下，往掠昆都倫博碩克圖部眾。噶爾丹還圖謀同俄羅斯聯(lián)兵往侵喀爾喀，以便徹底征服喀爾喀。俄羅斯卻大耍兩面派手法，騙取了噶爾丹的信任，實(shí)際上不派一兵一卒。
清廷得到消息，立即向俄羅斯使人提出抗議并指出：“噶爾丹迫于內(nèi)亂，食盡無歸，內(nèi)向行動(dòng)。今乃揚(yáng)言會(huì)汝兵，同侵喀爾喀。喀爾喀已歸順本朝，倘誤信其言，是負(fù)信誓而開兵端也。當(dāng)清朝使者質(zhì)問俄羅斯派往噶爾丹使者時(shí)得到回答說：請(qǐng)（俄羅斯兵）則有之，允發(fā)（兵）則末也”俄羅斯使者始終跟隨噶爾丹大本營，并親眼觀看了噶爾丹軍隊(duì)在烏爾會(huì)河戰(zhàn)勝清軍。
噶爾丹軍戰(zhàn)勝昆都侖博碩克圖后，繼續(xù)深入，直到突入清朝邊界。清廷只得推遲會(huì)盟，慌忙派尚書阿爾尼等率蒙古兵往烏珠穆沁，防備噶爾丹繼續(xù)內(nèi)侵，并要他相機(jī)行事。1690年六月二十一日，清軍與噶爾丹軍在烏珠穆沁烏爾會(huì)河大戰(zhàn)。當(dāng)時(shí)厄特魯特兵二萬余掠烏珠穆沁后順?biāo)文痢０柲醾芍淮T軍會(huì)齊，即分兵二隊(duì)，乘夜往襲。二十一日選二百名蒙古勇士攻之，并令五百名喀爾喀兵往取厄魯特所掠人畜。未及戰(zhàn)，諸部落及喀爾喀爭取子女牲畜，陣動(dòng)不能止，遂退。厄魯特兵便分兩翼，以優(yōu)勢(shì)火器擊敗清軍密集隊(duì)形，厄魯特兵又從山上繞出，從側(cè)翼猛擊，清軍遂大敗。噶爾丹輕取阿爾尼兵后，有恃無恐，長驅(qū)直入，直到克什克騰旗境內(nèi)烏蘭布通地方。烏蘭布通，距京師僅七百里，時(shí)“京師戒嚴(yán)”，引起清廷的慌亂。
清廷為了一舉消滅噶爾丹，遣使噶爾丹說“阿爾尼不請(qǐng)旨而擊汝，非本朝意也”，想以此麻痹和穩(wěn)住噶爾丹。同時(shí)急速調(diào)兵遣將，尋找戰(zhàn)機(jī)。七月初二，康熙帝命皇兄和碩裕親王福全為撫遠(yuǎn)大將軍，以皇長子胤褆副之，組成一路大軍出古北口；又命皇弟和碩裕恭親王常寧為安北大將軍，和碩簡親王雅布等副之，組成另一路大軍出喜峰口。內(nèi)大臣佟國綱、佟國維、索額圖、明珠等均參贊軍務(wù)。七月初六，二路十萬大軍先后出發(fā)。七月十四日康熙帝也啟程北上，親征噶爾丹。后由于身病，半路折回。清軍分路前進(jìn)，七月底抵達(dá)目的地巴林，并偵知噶爾丹兵集結(jié)地。噶爾丹發(fā)現(xiàn)大量清軍前來，便派使者告曰：“我自入邊秋毫無犯，皇帝亦惠我?guī)挪窌醮蟮乱病＝衲寺勈绦l(wèi)阿南達(dá)率兵及諸路軍云集……夫執(zhí)鼠之尾，尚噬其手，今雖臨十萬眾，亦何懼之有”并提出：“圣上君南方，我長北方”的主張。公開同清廷分庭抗禮。為了爭取時(shí)間完成對(duì)噶爾丹的包圍，康熙帝竭盡全力加以羈縻，防止噶爾丹過早退逃。噶爾丹堅(jiān)持索要土謝圖汗和哲布尊丹巴，清廷便做出可以談判的姿態(tài)，故意拖延時(shí)間，噶爾丹發(fā)覺清軍意圖，便集結(jié)于山林深塹，倚險(xiǎn)結(jié)營，并誦經(jīng)祭旗，準(zhǔn)備同清軍開戰(zhàn)。七月二十九日（1690年9月2日）清軍集結(jié)完畢，整列隊(duì)伍，向?yàn)跆m布通噶爾丹軍逼近。八月初一日（9月3日）黎明開始出擊，兩軍大戰(zhàn)于烏蘭布通。噶爾丹軍共二萬余人，依山阻水，隔河據(jù)高岸，“縛駝結(jié)陣以待”，將大量駱駝橫臥于地，上蓋以濕氈，背上加箱架，以防清軍炮火，并從駝陣中放***發(fā)矢，頑強(qiáng)抵抗。清軍利用大量的火炮猛轟其“駝陣”，激戰(zhàn)一下午，“駝陣”終被炮火轟開。噶爾丹兵遂退入山林，利用地形拼命抵抗。至晚，左翼軍由山腰繞準(zhǔn)噶爾軍之后攻擊，準(zhǔn)軍潰退。右翼軍被河崖、沼澤阻擋，退回原地。盡管清軍擊退了準(zhǔn)噶爾軍，“斬殺甚多”，但本身也遭受了巨大的損失。內(nèi)大臣、都統(tǒng)、火槍營統(tǒng)領(lǐng)、國舅佟國綱戰(zhàn)死。由于昏夜地險(xiǎn)，清軍只好收兵。次曰，清軍追擊，噶爾丹據(jù)險(xiǎn)堅(jiān)拒，并遣使者來告“一二日內(nèi)，濟(jì)隆胡圖克圖即來講禮修好”。初四日，濟(jì)隆來言，噶爾丹誤信伊拉古克三等人煽惑，深入汛界，部下?lián)屄尤诵螅源蠓抢恚⒈硎疽褯]有追索土謝圖汗之意。福全等建議暫停攻擊，由使節(jié)往來講解，等盛京、烏喇、科爾沁諸軍會(huì)合時(shí)再齊行夾擊。噶爾丹成功地延緩了清軍的攻擊，夜渡西拉沐倫河逃走。十五日，噶爾丹又怕被清軍追擊，發(fā)出請(qǐng)罪誓書，頂佛象發(fā)誓，保證再不犯邊。福全沒有把握有利戰(zhàn)機(jī)追擊噶爾丹，致使噶爾丹逃脫。噶爾丹第一次遭受清軍重創(chuàng)，沿路又遭瘟疫，當(dāng)他退回科布多時(shí)，僅剩幾千人。
烏蘭布通戰(zhàn)役，挫傷了噶爾丹的銳氣，從而清朝邊境得到安寧。清朝利用這個(gè)有利時(shí)機(jī)。將由于噶爾丹的第二次東征而擱置起來的喀爾喀、內(nèi)蒙古會(huì)盟之事提到議事日程。1691年（康熙三十年）年初，定于清明前后青草發(fā)萌時(shí)會(huì)盟。康熙帝認(rèn)為：“喀爾喀向來雖經(jīng)進(jìn)貢，但伊汗從未嘗輸誠來朝。而喀爾喀諸汗親率所屬數(shù)十萬眾傾心歸附，一切行賞定罰安插撫綏關(guān)系甚大，所以聯(lián)躬前往巡狩” 決定親自主持會(huì)盟。喀爾喀諸部早被清廷分為八札薩克，這里以此為基礎(chǔ)，依照內(nèi)蒙四十九旗制度，將投降清朝的土謝汗圖、哲布尊丹巴以下諸臺(tái)吉部眾編為旗隊(duì)。車臣汗伊分登于1688年去世，其子吳默赫承襲。車臣汗屬下部眾也悉數(shù)編入旗隊(duì)。四月末、五月初，理藩院定出喀爾喀汗、臺(tái)吉定賞次弟以及坐位次。并詳細(xì)規(guī)定了定閱禮議。五月初三，康熙帝駕臨多倫諾爾，身著御甲，大閱軍容。在眾蒙古王公面前大肆炫耀軍威，以此來震懾眾蒙古。康熙帝宣布：“亦等如四十九旗，其名號(hào)亦皆如四十九旗例，以示聯(lián)一視同仁之意”。土謝圖汗、車臣汗皆留其汗號(hào)，因札薩克圖汗被害，授其弟策旺札卜為和碩親王。汗以下濟(jì)農(nóng)，諾顏等俱授為親王、郡王、貝勒、貝子、鎮(zhèn)國公，輔國公等爵位，六等爵位以下臺(tái)吉也分為四等。最后頒布律例、賜土謝圖汗，哲布尊丹巴呼圖克圖，札薩克圖汗弟策旺札布車臣汗銀兩及其它物品，汗以下各王、貝勒、貝子、公、臺(tái)吉等都得到了賞賜。此次盛大會(huì)盟延續(xù)到五月初七結(jié)束。以多倫諾爾會(huì)盟為標(biāo)志，喀爾喀部最終并入清朝，成立清王朝的一部分。
1692年（康熙三十一年）五月，理藩院題：“喀爾喀既與四十九旗同列，請(qǐng)照四十九旗例給與印信。將士謝圖汗、車臣汗、親王策旺札卜三部落分為三路：土謝圖汗為北路喀爾喀，車臣汗為東路喀爾喀，親王策旺札卜為西路喀爾喀。以土謝圖汗管北路中軍事，其余各札薩克分管北路右翼中、左翼中、中左、中右、中前、中后、左翼左、右翼左、左翼右、右翼右、左翼前、右翼后、左翼后、左翼下、右翼下軍事，土謝圖汗部被分成17旗。以車臣汗管東路中軍事，加上以下各札薩克所管，共分為11旗。以親王策旺札八管西路中軍事，加上以下各札薩克所管，共分為8旗。俱授予印信，從而喀爾喀八札薩克增為36札薩克。
1697年（康熙三十六年）噶爾丹敗亡后，流離失所的喀爾喀部眾全部近回原牧。
四、噶爾丹的失敗
如前所述，當(dāng)喀爾喀部內(nèi)訌爆發(fā)時(shí)，由于害怕強(qiáng)大的準(zhǔn)噶爾汗圖趁機(jī)吞并喀爾喀，清延曾想利用******喇嘛的影響說服喀爾喀左右翼團(tuán)結(jié)和好，但由于土謝圖汗不遵守信誓，窮兵黷武，從而使內(nèi)訌變成內(nèi)戰(zhàn)，最終導(dǎo)致準(zhǔn)噶爾和喀爾喀之間的戰(zhàn)爭。戰(zhàn)爭初期，清廷試圖再次通過達(dá)賴?yán)镎{(diào)停戰(zhàn)事，但因噶爾丹頑固堅(jiān)持索要土謝圖汗，哲布尊丹巴，西藏第巴默認(rèn)噶爾丹的要求而末獲得成功。噶爾丹公然第二次東征以及侵入清朝邊境，并提出“圣上君南方，我長北方”的主張，公開同清朝爭奪漠北地區(qū)的霸權(quán)，面對(duì)這種形勢(shì)。迫使清廷改變其蒙古政策—對(duì)喀爾喀蒙古加以懷柔、保護(hù)，對(duì)準(zhǔn)噶爾噶爾丹則以大軍進(jìn)擊。
噶爾丹于1688年進(jìn)攻喀爾喀，戰(zhàn)勝了土謝圖汗后便返回了科布多。當(dāng)他于1688年夏到東征之際，留在故地的兩個(gè)穆斯林蘇爾坦叛變，被策旺阿賴布坦擊敗。從此以后準(zhǔn)噶爾內(nèi)部謠傳四起，說還有人準(zhǔn)備叛變。噶爾丹首先懷疑他的侄子策旺阿喇布坦。因?yàn)樗锌赡芡{他的地位，趁他不在時(shí)發(fā)動(dòng)政變。他甚至于1688年秋天策劃毒死策旺阿拉布坦之弟索諾木阿喇布坦。策旺阿喇布坦感到噶爾丹最終會(huì)消滅他，便于1689年春天同他的七個(gè)親信一起，率五千人馬叛離噶爾丹，噶爾丹親率人馬追趕，但未能制止。策旺阿喇布坦退回博爾他拉，并以此為基地，另立準(zhǔn)噶爾中心，同噶爾丹開始了針鋒相對(duì)的斗爭。
烏蘭布通之戰(zhàn)后，噶爾丹退兵科布多地區(qū)。由于策旺阿喇布坦占據(jù)了準(zhǔn)噶爾的基地領(lǐng)地，使他失去了后方的支援，陷入極度的困窘之中。當(dāng)時(shí)哈密地區(qū)尚在噶爾丹的控制下，他從那里得到糧食才渡過了寒冬。青海和碩特蒙古王公也援助過他。1691年春，他讓屬部在科布多地區(qū)開荒種植糧食，并發(fā)展畜牧及漁業(yè)生產(chǎn)。他同時(shí)到處搜羅散處各地的喀爾喀蒙古部眾，并派人到清廷，請(qǐng)求清廷歸還喀爾喀七旗部眾，并同清朝進(jìn)行貿(mào)易。他還在所派使團(tuán)中摻入許多暗探，偵探清廷的動(dòng)向，并鼓動(dòng)蒙古王公反叛清朝。
清朝為了徹底孤立噶爾丹，動(dòng)員內(nèi)蒙古各旗兵于協(xié)同清軍堅(jiān)守汛界，防止噶爾丹滲透，并派遣哨探入喀爾喀偵察噶爾丹動(dòng)向；還試圖截?cái)喔翣柕ね鞑丶扒嗪Ｖg的聯(lián)系；派遣使者到策旺阿喇布坦處，爭取從準(zhǔn)噶爾內(nèi)部進(jìn)行分化，聯(lián)合其敵對(duì)勢(shì)力以共同對(duì)付噶爾丹。鑒于噶爾丹同俄羅斯的關(guān)系，康熙帝便向俄羅斯施加壓力，要求俄羅斯同清朝進(jìn)行合作。1692年（康熙三十一年）伊拉古克三呼圖克圖叛清投往噶爾丹。因此噶爾丹在內(nèi)蒙古的暗探紛紛落網(wǎng)。伊拉古克三呼圖克圖的徒弟衛(wèi)征喇嘛以及其他喇嘛身份暴露被清廷處決，許多喇嘛從歸化城發(fā)配盛京。盡管如此，噶爾丹還是不斷派遣暗探到清朝，但大都被發(fā)覺處死。
多倫諾爾會(huì)盟，使喀爾喀完全歸附清朝，喀爾喀的命運(yùn)掌握在清朝手中，噶爾丹再也沒有力量改變這種狀況。
1692年，清朝使者馬迪在出使策旺阿喇布坦途中被噶爾丹部下擒獲并殺害。這一舉動(dòng)更加觸怒了清廷，并使清廷下決心剿滅噶爾丹。
但噶爾丹主力集中在科布多地區(qū)，清朝還沒有做好長途大規(guī)模征戰(zhàn)的準(zhǔn)備，只有等待時(shí)機(jī)或?qū)⒏翣柕ぶ髁σ螂x邊境較近的地區(qū)。1692年，噶爾丹派了一名叫吉爾哈郎格隆的的使者到清廷，妄圖爭取科爾沁沙津王叛清。康熙帝便讓沙津王佯作內(nèi)應(yīng)，遣使到噶爾丹處，引誘噶爾丹興兵東向。清朝加緊訓(xùn)練軍隊(duì)，配備大量的火器，準(zhǔn)備馬匹和糧食，積極備戰(zhàn)。
經(jīng)過四年的休整，噶爾丹終于決定離開自己的根據(jù)地東進(jìn)。1695年（康熙三十四年）他命令屬下終止耕種、集結(jié)起來向克魯倫河方向移牧。在克魯倫河地區(qū)洗劫了車臣汗部那木濟(jì)托音人畜。噶爾丹的東移是為了在喀爾喀地區(qū)確立自己的勢(shì)力范圍，也為了俘虜喀爾喀人眾牲畜，取得資養(yǎng)，同清朝進(jìn)行持久的斗爭。據(jù)后來成為清朝俘虜?shù)母翣柕げ肯碌ぐ凸补f：“他懊悔自己深入到烏蘭布通并同清軍開戰(zhàn)。他想，如果駐扎在克魯倫和土拉近處，用語言和計(jì)謀去影響和策動(dòng)喀爾喀和內(nèi)蒙古的話，可以使清廷處于首尾不能相顧之境地。到那時(shí)我們就可以完成自己的大業(yè)。如果滿洲聽到而派少量軍隊(duì)前來，我們就同他們開戰(zhàn)，如果大軍前來，我們就退走把地盤讓出去。當(dāng)滿洲退走時(shí)我們就可以躡蹤而上。這樣不等幾年，他們的軍餉便會(huì)告罄而疲憊不堪。他這樣想，并來到了這里”。除此之外俄羅斯承諾提供大炮和鳥***手到克魯倫地方。同時(shí)沙津王對(duì)噶爾丹的誘騙，肯定也起了一定的作用。
1695年初，清廷便得到消息，噶爾丹要離開科布多。康熙帝便命將軍薩布素率盛京、烏拉和黑龍江兵駐扎索約爾濟(jì)山。同年夏天康熙帝獲悉噶爾丹查然率兵東向。他便命將軍費(fèi)揚(yáng)古率軍在歸化城待命，到八月，康熙計(jì)劃用大軍消滅噶爾丹。進(jìn)行這樣大的軍事行動(dòng)，需要大量的馬匹，清廷便從內(nèi)蒙古四十九旗購置軍馬。并命甘肅、陜西清軍前往寧夏集結(jié)。十月命大臣將軍就消滅噶爾丹提建議。到十一月時(shí)，清廷便有了三路大軍出擊以及如何保障軍需的詳盡計(jì)劃。當(dāng)時(shí)大多數(shù)大臣、將軍認(rèn)為沒有必要馬上出擊，唯將軍費(fèi)揚(yáng)古贊同立即對(duì)噶爾丹采取軍事行動(dòng)。12月，費(fèi)揚(yáng)古奏言，鑒于噶爾丹在巴顏烏拉停留，需立即分兵出擊。康熙帝便決定分兵三路突襲至土拉、克魯倫河，士兵應(yīng)攜八十天口糧，剩下的將由挽車輸送。根據(jù)康熙帝的命令，在全國范圍內(nèi)開始了大規(guī)模的戰(zhàn)爭準(zhǔn)備。費(fèi)揚(yáng)古被任命為“撫遠(yuǎn)大將軍”，負(fù)責(zé)西路軍的行動(dòng)。西路大軍由三萬多士兵組成，將由寧夏及歸化城出發(fā)，在翁金河會(huì)合后向土拉河推進(jìn)，以堵住噶爾丹西逃之路。中路大軍由康熙帝親自率領(lǐng)，由三萬多士兵組成，由北京出發(fā)直接壓向克魯倫河。東路大軍一萬多人，由薩布素指揮，在克魯倫河下游防止噶爾丹東竄。每個(gè)士兵應(yīng)帶一名馬夫和四匹馬，全軍共計(jì)十萬人馬。為中路、西路大軍的糧食運(yùn)送，運(yùn)員了大量的人力物力，光為中路大軍造車五千多輛，征用牲畜二萬多頭。軍糧的運(yùn)輸由專官負(fù)責(zé)，運(yùn)送的路上又特別設(shè)置了驛站。
當(dāng)所有準(zhǔn)備工作結(jié)束后，康熙三十五年二月三十日（1696年4月1日），康熙皇帝率領(lǐng)中路大軍離開北京，開始了對(duì)呀爾丹的第二次親征。中路軍由獨(dú)石口出關(guān)，經(jīng)內(nèi)蒙古蘇尼特、阿巴嘎境，由達(dá)里崗嘎出境，直接朝克魯倫河抵進(jìn)。西路大軍先后從寧夏、歸化城出發(fā)，于三月十二日（4月14日）至汛界。并計(jì)劃五月三日在翁金會(huì)合，五月二十四日抵土拉，然后東向于五月二十七日向達(dá)巴顏烏拉完成合擊。
中路軍日行夜宿，日用一餐，穿越400里寬沙漠地帶，關(guān)于五月九日于科圖地方越過邊界，較為順利地接近了克魯倫河。西路大軍卻遇到了極大的困難。西路軍的行軍路程要比中路軍遠(yuǎn)，沿途無水，加上氣候惡劣，使大量戰(zhàn)馬倒斃。寧夏軍到達(dá)翁金時(shí)，幾乎失去全部馬匹，所攜量糧食也所剩無幾，因而沒有按時(shí)抵達(dá)翁金。提督孫思克遂挑選了兩千名士兵追趕費(fèi)揚(yáng)古軍。西路軍到杭愛山時(shí)，發(fā)現(xiàn)草場(chǎng)均被焚毀。所有這一切，嚴(yán)重影響了西路軍的進(jìn)軍速度。
當(dāng)中路大軍離開邊界時(shí)，沙津王派往噶爾丹處的使者帶來有俄羅斯六千名鳥***手助戰(zhàn)，噶爾丹擁有兩萬人馬的消息。這一消息使隨行大臣、將軍驚恐萬分。忙諫皇帝領(lǐng)兵退回，讓西路軍攻打。康熙帝力排眾議，堅(jiān)持北上。這時(shí)西路軍未能按時(shí)到達(dá)指定地點(diǎn)，中路軍突出，已接近噶爾丹所在。中路軍只得放慢速度，等待西路軍，以便夾擊 噶爾丹。
自從噶爾丹的耳目被肅清以來，噶爾丹得不到任何有關(guān)清軍動(dòng)向的情報(bào)。當(dāng)大軍壓境時(shí)，噶爾丹還蒙在鼓里。五月初一日，清軍便進(jìn)入突擊地拖陵布喇克。經(jīng)過幾天的猶豫，康熙帝估計(jì)西路軍已抵達(dá)土拉河，便決定中路軍突進(jìn)。為了減輕中路軍的壓力，還決定派人到噶爾丹軍前，并釋放被俘厄魯特。通報(bào)大軍的到來，以此威嚇噶爾丹。初四日，清軍使者完成了向噶爾丹遞交皇帝敕書的使命，接著大軍向前推進(jìn)。噶爾丹侄子丹濟(jì)拉獲悉康熙帝親率大軍前來，大為震驚，慌忙通報(bào)噶爾丹。初七日，清軍始進(jìn)入戰(zhàn)斗隊(duì)列，康熙帝親自騎馬走在陣前。初八日，當(dāng)清軍抵達(dá)克魯倫河時(shí)，厄魯特人馬早已逃走。噶爾丹得到消息后親登高山，看到清軍的陣容后才相信皇帝親自率大軍到來，便下令向西轉(zhuǎn)移。噶爾丹人馬遂舍棄帳幕、輜重，慌忙西向土拉，沿途互相搶掠，一片混亂。
康熙帝看到噶爾丹軍已向西逃跑，親自率軍追擊。十二日(6月11日)，抵達(dá)拖訥山，見追趕不及，決定返回。他命內(nèi)大臣馬思喀為“平北大將軍”，率輕騎繼續(xù)追擊。康熙帝的戰(zhàn)略意圖根本沒有達(dá)到。西路軍是否到達(dá)指定位置也不清楚，使康熙帝非常沮喪。十四日（6月13日）收到費(fèi)揚(yáng)古奏折，知道西路軍到達(dá)指定地點(diǎn)，堵住了噶爾丹的退路。西路軍一萬四千人的到達(dá)，使康熙帝振作起來。
噶爾丹當(dāng)時(shí)兵力不足五千人。自從五月初七逃跑以來幾天幾夜未曾停留，又因天旱，從巴顏烏拉到土拉河幾乎寸草不生，使噶爾丹人馬極度困乏。鑒于清軍的追擊，噶爾丹曾想在拖訥山一帶抵抗清軍，但因軍隊(duì)無法控制而未能如愿。在額爾克木布爾嘎蘇臺(tái)筑駝城以拒清軍時(shí)，獲悉清西路軍到來的消息。他決定避開強(qiáng)大的中路軍，主動(dòng)襲擊西路軍，然后向土拉河突圍。十三日(6月12日)，噶爾丹的先頭部隊(duì)在昭莫多附近的特勒爾濟(jì)口同費(fèi)揚(yáng)古指揮的西路軍相遇，從而拉開了著名的昭莫多之戰(zhàn)的序幕。
清西路大軍于十三日(6月12日)在特勒爾濟(jì)地方發(fā)現(xiàn)厄魯特軍蹤跡。費(fèi)揚(yáng)古遂派將軍碩岱和阿南達(dá)吸引噶爾丹主力軍至昭莫多。噶爾丹的先頭部隊(duì)由阿拉布坦、伊拉古克三呼圖克圖和輝特部照日格圖巴圖爾率領(lǐng)。他們遇到清軍后馬上投入戰(zhàn)斗，清軍佯敗退走。噶爾丹想一鼓作氣突圍出去，便乘勝西進(jìn)，結(jié)果卻落人清西路大軍三面包圍之中。噶爾丹軍到達(dá)昭莫多時(shí)，發(fā)現(xiàn)清軍已占據(jù)了所有的制高點(diǎn)。清軍也步戰(zhàn)迎敵，并發(fā)大炮鳥***助戰(zhàn)。清軍以整齊的步伐和隊(duì)列壓向噶爾丹，并以盾牌護(hù)身，當(dāng)距敵度僅20步左右時(shí)， 弓箭齊射。清軍同時(shí)派一支兵力，包抄葛爾丹的后路，偷襲了隨軍老營及輜重。經(jīng)過6個(gè)小時(shí)的激戰(zhàn)，噶爾丹軍終于支持不住，紛紛潰逃。清軍追擊，斬獲甚眾。共消滅噶爾丹軍二千多人，噶爾丹妻子阿奴哈敦以及許多戰(zhàn)將陣亡。噶爾丹率少數(shù)人馬突圍成功。昭莫多之戰(zhàn)，噶爾丹主力喪失殆盡，從此一蹶不振。
西路軍獲勝后，按康熙帝的指示循中路軍路線、利用中路軍的糧食，順利返回歸化城。中路軍返回京師防地。康熙帝這一次親征費(fèi)時(shí)98天，行程四千里，消滅了噶爾丹的主力。
昭莫多戰(zhàn)后，噶爾丹逃到塔米爾河流域，糾集殘部，企圖堅(jiān)持同清朝的斗爭。丹津溫布趁亂收羅了噶爾丹許多人畜，同噶爾丹反目離去。阿拉布坦不積極同噶爾丹合作，保持一定的距離。噶爾丹各路人馬重新陷入混亂之中，他們沒有帳幕，沒有足夠的馬匹、給養(yǎng)，連******也快用完。西邊有策旺阿喇布坦，西北方向丹津溫布堵塞了噶爾丹同俄羅斯的聯(lián)系通道。噶爾丹最后決定向清朝邊界一帶游擊。伺機(jī)搶奪清軍在翁金河畔的糧草，然后向哈密方向前進(jìn)。七月間，他們慢慢向南朝翁金河而來，搶掠清軍糧草未果。
康熙帝為了徹底消來噶爾丹，于當(dāng)年九月十九日（10月14日）親自前往歸化城，在歸化城和鄂爾多斯地區(qū)，組織了一系列軍事行動(dòng)。首先派兵堵住了噶爾丹通過布隆吉爾到達(dá)青海、西藏的道路。另一方面安置厄魯特部眾，并派厄魯特俘虜?shù)礁翣柕ぬ庍M(jìn)行策反。
噶爾丹走投無路，其部下紛紛要求投降清朝。噶爾丹迫于壓力，只好派格壘沽英宰桑同康熙帝談判，表示愿意投降。康熙帝遂令噶爾丹七十天內(nèi)作出答復(fù)。
七十天過后，噶爾丹絲毫沒有投降的跡象。噶爾丹滯留在薩克薩河、圖庫里克河一帶，茍延殘喘。他派往西藏及青海的使者悉數(shù)被清軍俘獲，接著他的兒子色布騰巴勒珠爾于哈密地方被回回抓獲后落入清軍手中。康熙帝遂于康熙三十六年二月初六（1697年2月26日）親自前往寧夏，組織對(duì)噶爾丹的合圍。他派費(fèi)揚(yáng)古率一路兵馬從和托里巴拉哈孫直插薩克薩圖庫里克，又派孫思克、博濟(jì)率另一路兵馬出嘉峪關(guān)至哈密，然后從哈密直指薩克薩圖庫里克。
噶爾丹人馬越來越少，手下宰桑大臣紛紛逃離降清。親近宰桑力勸噶勻丹，噶爾丹至死不降。清廷派員外博什希、筆帖式常授隨格壘沽英前往噶爾丹處。員外博什希是見到噶爾丹的最后使者。他于二月十四日（1697年3月6日）被引見噶爾丹，次日日落時(shí)分噶爾丹到來并坐巖上，在野外會(huì)見了這位清使。他讓博什希遠(yuǎn)坐，使二人夾其膝而坐兩旁，不準(zhǔn)他靠近噶爾丹。噶爾丹同使者分食了野獸肉，然后迭相傳語。使者傳達(dá)了康熙諭旨，并要他投降時(shí)，噶爾丹只是敷衍道：“我之言已在疏內(nèi)，我之意已語我使人。使人到日當(dāng)口奏也”。語畢，即起，乘馬而去，博什希只得返回帳中。噶爾丹使者格壘沽英看到噶爾丹毫無降意，便舉家叛逃降清。
噶爾丹處境一天天變壞，時(shí)常能聽到南方傳來的清軍炮聲，這更使他的人馬惶惶不可終日。清廷使者走后，噶爾丹決定離開他的過冬之地薩克薩圖庫里克，前往額黑阿喇兒。康熙三十六年二月二十五日（1697年3月17日），噶爾丹啟程，三月十三日（1697年4月4日），移營到科布多地區(qū)布顏圖河畔之阿察阿穆塔臺(tái)地方時(shí)，突然患病而死。其死因，在《朔漠方略》卷43中逃人杜拉兒稱：“噶爾丹曾云：‘我向以折滾噶爾（即準(zhǔn)噶爾之異音）為良善之國。不意無信如此’。怨恨數(shù)日，飯食俱廢。于十二日頭痛，召丹濟(jì)拉前去，十二日午前身死”。噶爾丹死后，其侄子丹濟(jì)拉等火化其遺體，并攜其骨灰，領(lǐng)其女兒鐘察海以及其他屬下歸降清朝。準(zhǔn)噶爾阿喇布坦也在幾年后歸降清朝。丹津溫布由于同噶爾丹合謀殺害了策旺阿喇布坦之弟索諾木阿喇布坦，然后同阿奴一起投奔噶爾丹，被策旺阿喇布坦關(guān)進(jìn)監(jiān)牢。伊拉古克三呼圖克圖和噶爾丹御醫(yī)程貝藏布被策旺阿拉布坦引渡到清廷，伊拉古克同他的弟子在黃寺被凌遲處死，程貝藏布后來也被處死。
準(zhǔn)噶爾汗國的締造者，一代梟雄噶爾丹就這樣走完了他的不平凡的一生，終年僅五十三歲。隨著噶爾丹的敗亡，準(zhǔn)噶爾與清朝之間的第一次戰(zhàn)爭遂告結(jié)束，清朝贏得了征服蒙古最后一大部落-漠西衛(wèi)拉特的第一回合的勝利。
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